东莞海事局管辖范围包括：企石水闸至渔民洲洲头的东江干流流域、渔民洲洲头至东江干流河口的东莞沿岸水域、珠江口水域部分的东江干流河口至宝安河口的岸线和水域（包括临时监管水域）、东宝河靠东莞一侧的沿岸水域，以及东莞市行政区域内的河流、水库等通航水域，辖区通航里程651公里，其中138公里与邻近市交界，53公里位于珠江口。