惠州海事局内设指挥中心、监管处、船舶检验处、办公室（督查处）、财务处、党群工作部等6个部门和1个办事机构政务中心，下设执法支队、港口海事处、惠东海事处、惠城海事处等4个派出机构。目前全局共有在编职工85人（局机关49人，港口海事处11人，惠东海事处7人，惠城海事处12人，执法支队3人，海巡船员3人），其中共有研究生学历8人，大学本科学历58人，全局本科以上人员所占比例达77.6% 。

    辖区覆盖全市博罗县、惠东县、龙门县以及惠城区、大亚湾区、惠阳区等6个县（区）。沿海岸线223.6公里，海域面积4520平方公里，岛屿数89个，沿海主要港口惠州港共有荃湾、东马、碧甲、惠东大澳塘等4个码头作业港区，码头16座，36个泊位，其中30万吨级码头泊位2个，15万吨级码头泊位2个。内河主要河流东江可通航水域209公里。辖区主要渡口26道，水库317个。共有登记在册船舶1422艘，其中沿海船舶220艘，内河船舶1202艘，在册船员4516人，其中内河船员3901人，海船船员615人。